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H-DBASの特徴
- 以下の３種類のデータセットから代表ASバリアント（RASV）を提供
- H-Inv full-length cDNAs (リソース概要)：H-Invのヒト完全長cDNAデータセット
- H-Inv all transcripts (リソース概要)：公共DBで公開された全ヒトmRNAデータセット
- Mouse full-length cDNAs (リソース概要)：マウス完全長cDNAデータセット
- タンパク機能（モチーフ、GO、細胞内局在化シグナル、膜タンパクドメイン）に影響を与えるRASV
- ヒトとマウスで進化的に保存されたRASV（H-Inv full-length cDNAsのみ）
- Javaアプレットで動作するASビューワ（サンプル）を実装。動作環境の最低条件は以下の通り
- Java：JRE 1.5.0_17（Javaのダウンロードページ）
- OS：WindowsXP/Vista or Mac10.4（Windows推奨）
- ブラウザ：IE6/7 (Windows) or Safari (Mac)
- 画像解像度：1280 x 1024
H-DBASの強み
- ESTから予測された転写物を使用していないため、ゲノム上における転写物のエクソンの組み合わせが正確
- マッピングとクラスタリングの結果からtruncationの可能性がある転写物を除去し、転写物の完全長を保障
- 同じエクソン構造を持つ複数のASバリアントから代表（RASV）を選択し、バリアントの冗長性を排除
- オリゴキャップ法のように確立された実験法により得られた完全長cDNAを使用（H-Inv full-length cDNAsのみ）
- ヒトとマウスで保存されたRASVを比較ゲノム解析により抽出（H-Inv full-length cDNAsのみ）
サイトの流れ
- トップ - (詳細検索) - 結果概要 - (ローカス概観) - ASビューワ
文献
- Takeda, J. et al. (2010) H-DBAS: human-transcriptome database for alternative splicing: update 2010.
Nucleic Acids Research 38 (Database Issue), D86-D90 New!
- Takeda, J. et al. (2008) Low conservation and species-specific evolution of alternative splicing in humans and mice: comparative genomics analysis using well-annotated full-length cDNAs.
Nucleic Acids Research 36 (20), 6386-6395
- Takeda, J. et al. (2007) H-DBAS: Alternative splicing database of completely sequenced and manually annotated full-length cDNAs based on H-Invitational.
Nucleic Acids Research 35 (Database Issue), D104-D109
- Takeda, J. et al. (2006) Large-scale identification and characterization of alternative splicing variants of human gene transcripts using 56,419 completely sequenced and manually annotated full-length cDNAs.
Nucleic Acids Research 34 (14), 3917-3928
- Imanishi,T. et al. (2004) Integrative annotation of 21,037 human genes varidated by full-length cDNA clones.
PLoS Biology 2 (6), 856-875
その他の情報
関係機関
  
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